Seine ersten Versuche am Ball unternahm Julian Börner beim SC 03 Weimar und Vimaria Weimar. Über Rot-Weiß Erfurt fand er schließlich den Weg in den Profifußball. Nach fünf Jahren bei Energie Cottbus in der 2. Bundesliga folgte im Sommer der Abstieg in die dritte Liga und der Wechsel zu Arminia Bielefeld.